股权变更主要涉及以下税务问题：
一、个人所得税
1.纳税主体与计算方式
对于个人股东转让股权，转让方为纳税义务人。应纳税所得额 = 股权转让收入 - 股权原值 - 合理费用。股权转让收入是指转让方因股权转让而获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。股权原值是指为取得该股权所实际支付的价款。合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费。
例如，某股东以 100 万元取得公司股权，现在以 150 万元转让，转让过程中支付了印花税等相关税费 2 万元。那么应纳税所得额 = 150 - 100 - 2 = 48 万元。
2.税率
个人所得税税率为 20%。按照上述例子，该股东应缴纳个人所得税 48×20% = 9.6 万元。
3.特殊情况的税务处理
平价或低价转让股权：如果转让价格明显偏低且无正当理由，税务机关有权核定股权转让收入。正当理由包括能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人等情况。
非货币性资产投资形成的股权变更：个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照 “财产转让所得” 项目，依法计算缴纳个人所得税。纳税人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过 5 个纳税年度内（含）分期缴纳个人所得税。
二、企业所得税
1.纳税主体与计算方式
对于企业股东转让股权，转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
例如，某企业持有另一企业股权的成本是 800 万元，转让该股权取得收入 1000 万元。则股权转让所得 = 1000 - 800 = 200 万元。
2.税率
一般企业所得税税率为 25%。按照上述例子，该企业应缴纳企业所得税 200×25% = 50 万元。不过，符合条件的小型微利企业等可能适用较低的税率。
3.特殊情况的税务处理
跨境股权交易：如果涉及跨境股权变更，情况会更加复杂。例如，非居民企业转让中国居民企业股权，可能会涉及源泉扣缴等税收制度。对于转让所得，以支付人为扣缴义务人，税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴。
三、印花税
1.纳税主体与计算方式
股权变更签订的股权转让合同属于产权转移书据，立据双方（转让方和受让方）都要缴纳印花税。应纳税额 = 股权转让合同所载金额 ×0.5‰。
例如，一份股权转让合同金额为 200 万元，转让方和受让方各应缴纳印花税 200 万 ×0.5‰ = 1000 元。
2.特殊情况的税务处理